El Programa de Ingeniería de sistemas pertenece a la Facultad de Ingeniería Electrónica y Telecomunicaciones de la Universidad del Cauca y fue creado mediante el Acuerdo Nº 030 de mayo de 1998, expedido por el Consejo Superior.
Mediante Resolución número 3248 de 5 de Marzo de 2020, se otorgó acreditación de alta calidad al programa de Ingeniería de Sistemas de la Universidad del Cauca, ofrecido bajo la metodología presencial en la ciudad de Popayán, Cauca, por el término de 8 años y, mediante resolución 15402 del 18 de diciembre de 2019 expedida por el Ministerio de Educación Nacional y registrada en el Sistema Nacional de Información de la Educación Superior (SNIES), se le otorgó el Registro Calificado a este Programa en Popayán, por el término de 7 años.